Золотой цвет это первое, что проверяется у новорожденных щенков.
Интенсивность золотистого окраса может варьировать от светло-желтого до насыщенного рыжего и находится под модифицирующим действием руфус-полигенов. По-видимому, у йоркширских терьеров, как и у других чепрачных пород, эти модификаторы определяют интенсивность рыжего окраса, которая варьирует в зависимости от особи, линии и породы.
Исследователи установили, что насыщенность рыжего окраса может быть легко потеряна и трудно затем восстанавливается в процессе разведения. Следовательно, могут иметь место как усиливающие, так и ослабляющие полигены, но тогда последние должны быть доминантны по отношению к первым. Однако, в целом для этой группы полигенов характерно, что те, которые доминантны в одних скрещиваниях, становятся рецессивны в других.
Совершенно очевидно, что для планирования успешного близкородственного скрещивания требуются знания основ общей генетики, селекции и особенностей всех общих предков в родословных предполагаемых производителей.

Аномалии, возникающие у собак наиболее часто, также контролируются рецессивными генами, например: прогрессирующая атрофия сетчатки, некоторые виды катаракты, смещение хрусталика, хондродистрофия, квадриплегия, наследственная нефропатия, карликовость, сочетанная с анемией, заячья губа и волчья пасть, перекрученный хвост, глухота, врожденные грыжи, прибылые пальцы, боязнь резких звуков, непроизвольное мочеиспускание при возбуждении, заворот (выворот) век, альбинизм, склонность к мочекаменной болезни.
Заводчики должны быть готовы к отрицательным результатам и большой выбраковке щенков.
Устойчивость породы обеспечивает определенная степень гетерозиготности. Поэтому в практике чаще используют лайнбридинг, при котором также спариваются родственники, но их общий предок находится в третьем-четвертом колене родословной.
Чем дальше в родственном отношении отстоят друг от друга производители, тем шире будет варьировать тип получаемых щенков. Отбраковка особей, не соответствующих стандарту, при лайнбридинге ничуть не менее важна, чем при инбридинге.
Аутбридинг — система скрещивания неродственных производителей.