С уверенностью можно лишь сказать, что у колли, как, впрочем, и у других прямошерстных овчарок и лаек, был древний волкообразный предок. Пастушьи собаки были распространены в пограничной области между Англией и Шотландией в Хайленде. Эта область благодаря гористому рельефу могла использоваться лишь для разведения овец.
В те времена шотландские овчарки представляли собой собак среднего роста с густым шерстным покровом. Агрессия была им не свойственна, поскольку волки были истреблены на Британских островах довольно рано, и охрана стад от них не требовалась. Породные качества овчарок Шотландии – смелость, выносливость, бдительность и способность пробегать большие расстояния – сформировались благодаря тяжелой ежедневной работе в суровых климатических условиях.
В XIV в. впервые упомянул о колли поэт Дж. Чосер. По поводу возникновения названия породы существуют разные предположения. Возможно, что колли были названы в честь породы шотландских черноголовых овец, для охраны которых их применяли. А возможно, название связано с черным окрасом шотландских овчарок или овец, которых они пасли. Староанглийское слово «coll»или уэльсское «coly» означают «черный», а «coal» переводится как «каменный уголь».
В 1746 г. Шотландия после долгой борьбы за независимость окончательно вошла в состав Великобритании. Небольшие фермы были уничтожены, и на их месте появились крупные овцеводческие хозяйства. Следить за овцами и искать отбившихся от стада животных помогали специальные пастушьи собаки.
Джон Каюс упоминал о шотландских овчарках в 1570 г. в своей книге «Английские собаки». Позднее, в 1792 г., шотландская овчарка была подробно описана английским натуралистом Томасом Бевиком в его книге «История четвероногих». В 1800 – 1808 гг. сначала С. Эдвардс («Британская энциклопедия собак»), а позднее Бингли («Естественная история») упоминают в своих трудах длинношерстную собаку черного с белым или черного окраса.
Шотландская овчарка распространилась не только у себя на родине – в Шотландии, но и в Англии, а также в XIX в.